O morcego é um hospedeiro do vírus que causa diversas enfermidades. Entre as doenças transmitidas pelos morcegos estão: a raiva, salmonelose e a histoplasmose. A última é uma séria infecção que prejudica os pulmões.
Todos os morcegos podem transmitir a raiva, inclusive os nectarívoros e os frutíferos. Eles podem contrair e infectar outros seres com esse mal, porém também podem morrer com essa patologia, como acontece com outros mamíferos.
Apesar disso, esses animais têm um importante papel no equilíbrio ambiental. Por isso, não devem ser exterminados. Eles ajudam a eliminar diversos insetos voadores noturnos, inclusive algumas pragas que causam problemas para a agricultura.